لما اطمأن رسول الله -صلى الله عليه وسلم- من جانب مشركي قريش بعد صلح الحديبية، أراد أن يحاسب أهل خيبر الذين حزبوا الأحزاب ضد المسلمين، وحرضوا بني قريظة على الغدر والخيانة، وأخذوا في الاتصالات بالمنافقين، فقد كانت خيبر وكر الدس والتآمر، ومركز الاستفزازات العسكرية وإثارة الحروب، وكانوا هم أنفسهم يهيئون لقتال المسلمين.
ولما أراد رسول الله -صلى الله عليه وسلم- الخروج إلى خيبر، أعلن ألا يخرج معه إلا راغب في الجهاد، فلم يخرج إلا أصحاب الشجرة وهم ألف وأربعمائة.
وأرسل رأس المنافقين عبدالله بن أبي إلى يهود خيبر أن محمداً قد قصدكم وتوجه إليكم، فخذوا حذركم، ولا تخافوا منه، فإن عددكم وعدتكم كثيرة، وقوم محمد شرذمة قليلون، عزل لا سلاح معهم إلا قليل، فأرسلوا إلى غطفان يستمدونهم، وشرطوا لهم نصف ثمار خيبر، إن هم غلبوا على المسلمين.
وقال النبي -صلى الله عليه وسلم-: «الله أكبر، خربت خيبر، الله أكبر، خربت خيبر، إنا إذا نزلنا بساحة قوم فساء صباح المنذَرين».
ولما كانت ليلة المعركة قال: لأعطين الراية غداً رجلاً يحب الله ورسوله، ويحبه الله ورسوله، فلما أصبح الناس غدوا على رسول الله -صلى الله عليه وسلم-، كلهم يرجو أن يعطاها، فقال: «أين علي بن أبي طالب، فأعطاه الراية، وقال: أنفذ على رسلك، حتى تنزل بساحتهم، ثم ادعهم إلى الإسلام، وأخبرهم بما يجب عليهم من حق الله فيه، فوالله لأن يهدي الله بك رجلاً واحداً خير لك من حمر النعم».
وأول حصن هاجمه المسلمون من هذه الحصون هو حصن ناعم، وفيه مرحب البطل اليهودي الذي كان يعد بالألف، فقتله علي بن أبي طالب، ودار قتال مرير حول هذا الحصن، انهارت لأجله مقاومة اليهود، وعجزوا عن صد هجوم المسلمين، ثم فتح الله عليهم حصن الصعب، تحت قيادة الحباب بن المنذر الأنصاري.
ثم حاصرهم النبي -صلى الله عليه وسلم- في قلعة الزبير، فقطع ماءهم عليهم، فخرجوا فقاتلوا أشد القتال، قتل فيه نفر من المسلمين، وأصيب نحو العشرة من اليهود، وافتتحه رسول الله -صلى الله عليه وسلم-، وافتتح بعده قلعة أبي، وحصن النزار بعد قتال مرير في داخل الحصن، انهزم أمامه اليهود هزيمة منكرة، وذلك لأنهم لم يتمكنوا من التسلل من هذا الحصن، كما تسللوا من الحصون الأخرى، بل فروا -من فروا- من هذا الحصن تاركين للمسلمين نساءهم وذراريهم.
واستسلمت بقية الحصون للنبي -صلى الله عليه وسلم- والمسلمين دون قتال.
وتم الصلح على حقن دماء من في حصونهم من المقاتلة، وترك الذرية لهم، ويخرجون من خيبر وأرضها بذراريهم، ويخلون بين رسول الله -صلى الله عليه وسلم- وبين ما كان لهم من المال والأرض، والذهب والفضة والسلاح، وبعد هذه المصالحة تم تسليم الحصون إلى المسلمين، وبذلك تم فتح خيبر.
وأراد رسول الله -صلى الله عليه وسلم- أن يجلي اليهود من خيبر، فقالوا: يا محمد، دعنا نكون في هذه الأرض نصلحها، ونقوم عليها، فنحن أعلم بها منكم، فأعطاهم خيبر على أن لهم الشطر من كل زرع، ومن كل ثمر، ما بدا لرسول الله -صلى الله عليه وسلم- أن يقرهم.
ويدل على كثرة مغانم خيبر ما رواه البخاري عن ابن عمر قال: ما شبعنا حتى فتحنا خيبر، وما رواه عن عائشة قالت: لما فتحت خيبر قلنا: الآن نشبع من التمر، ولما رجع رسول الله -صلى الله عليه وسلم- إلى المدينة رد المهاجرون إلى الأنصار منائحهم، التي كانوا منحوهم إياها من النخيل، حين صار لهم بخيبر مال ونخيل.
ولما قدم جعفر على النبي -صلى الله عليه وسلم- تلقاه وقبله، وقال: «والله ما أدري بأيهما أفرح؟ بفتح خيبر أم بقدوم جعفر.
وعرض النبي -صلى الله عليه وسلم- على صفية بنت حيي الإسلام فأسلمت، فأعتقها وتزوجها، وجعل عتقها صداقها.;